교육인적자원부에서 6월15일까지 전국의 16개 시도교육청에 지시한 지방교육혁신을 위한 디지털 시스템 구축의 기초자료로서 업무 메뉴얼 작성에 관하여 교육연맹은 2006.06.08 교육인적자원부의 디지털지방교육재정팀장과 사무관에게 별첨의 자료를 제출하면서 부당성에 관하여 항의하였다.
다음은 참석한 교육연맹과 재정팀간의 대화 내용을 정리한 내용이다.

문) 자료제출시기가 너무 촉박하지 않은가 ? 어떤시도는 일주일이나 열흘정도기간에 어떻게 하나 ?
- 아니다 이사업의 시작은 2005년도 5월부터 시작되었고 예고 되어 있었던 것으로 갑작스러운것은 아니다.
문) NEIS 를 많은 홍역을 치루면서 겨우 사용하는 단계에 또다른 시스템을 구축한다는것이 말이 되나?
- NEIS프로그램은 다른부분을 다 그대로 사용하고 다만 재정부분은 어쩔수 없다 복식회계의 도입으로 어차피 수정이 불가피하다.
문) 왜 같은 업무가 중복되는 업무까지도 16개 시도 전체를 다 하게 하나 나누어서 과제를 주고 제출한후 교육부에서 수합하면 되지않는가 ?
- 초기에 이표에 적힌 대로 16개 시도를 각 업무별로 분리하여 시행하려 했으나 각시도가 합의를 하지 못하여 어쩔수 없이 전부다 제출하게 하였다.(표에 16개 시도별로 분야별 목록과 담당자가 있었음)
문) 변화와 혁신을 모토로 하고 있는 상황에서 획일화 시키면 창의성과 개인별 특성, 시도별 특성을 어쩌나 ? 전국의 곳곳이 나름대로 특성이 있는것이 아닌가?

- 그렇지 않다. 각시도별로 수합하여 적정한메뉴얼을 작성한후 다시금 시 도로 내려 보내고 사용은 시도별로 한다. 획일화가 아니다.
문) 일선 학교까지 시행 하는가 ?
- 아니다 16개 시도교육청과 지역교육청, 사업소까지 한다.
문) 현재도 각 교육청별로 업무편람이 다 만들어 져 있으나 아무도 보지 않는다
컴퓨터의 아래아 한글의 도움말을 누가 다 보나 필요한것만 보고 있지 않는가?
- 그렇지 않다. 업무편람과는 다르다. 컴퓨터에 자기가 할일이 나타나게 된다. 그러면 보게 된다.
문) 현재 지방교육현실을 알기는 하는가 자기고유업무외에 거의 60쪽에 가까운 메뉴얼을 작성하고 있다. 12시 전에 퇴근하는사람이 별로 없다. 지금 고유업무는 완전히 마비되어 있다
- 알고 있다. 그러나 어쩔수 없다. 애먹일려는 뜻으로 한것 절대 아니다.
문) 일반 지방자치단체와 비교해 본적이 있는가?
- 당연히 해 봤다. 행자부는 현재 다른 시스템을 구축하고 있다, 그에 비해 우리는 훨씬 효율적이고 독자적인 시스템이다.
문) 일부에서 팀장님에게 승진에 대한 욕심도 있다는소리가 있는데

- 절대 오해다. 욕심없다. 몸이 아파 쉬었다. 지금도 아프다.
문) 시스템 구축을 보류하거나 취소할 생각은 없나?
- 당연히 없다.

그외 여러가지의 요구와 질문이 있었으나 시스템 구축의 정당성을 피력하였고, 절대 연기나 취소는 있을수 없다는 답변이 있었으며 교육연맹측에서 이렇게 적응할 기간도 주지 않고 시행하면 분명히 실패할것이라고 까지 하였으나 요지부동이었다.
이날 교육연맹은 어쩔수 없이 6월15일의 제출기한이라도 연기 할수 없는가 라는 질문에 연기는 할수없고, 6월15일까지 완성되지 않더라도 작성한 부분에 대해서만 제출할수 있게 공문으로 시행하도록 하였다.